宝石包裹体的观察在放大镜和肉眼下观察和鉴别包裹体最重要的是要有好的光源（自然光和聚光电筒）和良好的背景（采用白色为佳，它能衬托其内部的结构缺陷、不同颜色的包裹体；样品表面粗糙，可将宝石放入装有浸油或清水的玻璃器皿中）。

包裹体观察和鉴定的步骤主要为：
1．清洁宝石表面，以免将宝石表面的脏物当作为宝石包裹体。

2．用宝石显微镜的夹子夹住宝石，将宝石台面向上，升降镜筒，聚焦在宝石的台面上。观察结晶质的包裹体最好用暗域照明，而观察气液包裹体可用明场，金属矿物包裹体可用反射或顶光照明。

3．先从最小的放大倍数开始观察，然后逐渐改变放大倍数。进行观察时必须把焦距调节于宝石内部。观察过程中要不断调节焦距以便能发现宝石内不同焦平面的包裹物。 

4．一旦发现典型的包裹体，便要记录其形状、颜色、大小、分布的位置、光性特征、折光率的相对大小、相态的特征及组合等，力求能确定其种类及性质（原生、同生或后生），为准确确定宝石的性状、甚至产地提供准确信息。

5．当怀疑包裹体是否为表面的附着物时，可重新调节焦距。若显微镜准焦在宝石表面时，“包裹体”才清楚，而稍调节焦距包裹物即变模糊，可怀疑为附着物，应重新清洁宝石表面，再作观察。

6．若宝石表面较粗糙，则可将宝石放入折光率与宝石接近的浸油中进行观察。常用的浸油有清水(1.33)、甘油(1.47)、丁香油(1.53)、三溴甲烷(1.59)、一溴萘(1.66)、二碘甲烷(1.74)(注意高折射率的浸油有毒和腐蚀性，应在通风的条件下观察；多孔的宝石如欧泊、青金石等不宜放入浸油中)。
当宝石中的包裹体较大时，我们可用10倍放大镜及显微镜来确定它们的大小、位置、相态组成，有时根据其形态、光性特征及相对折光率大小、颜色等特征我们还能大概确定包裹体矿物的种类。但当宝石中的包裹体非常细小时（m级），或者我们需要准确测定包裹体的成分及确定其矿物种类时，一般的显微镜多无法胜任这种工作，这时则需要使用超级显微镜及现代的分析技术（如激光拉曼光谱、电子探针、Ｘ射线荧光分析、离子探针等等）。

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